Aufgrund der hohen Zahl der möglichen Einflussfaktoren auf das Ergebnis wurde zu Beginn des Projektes eine Stakeholderbefragung sowie ein Workshop mit verschiedenen Stakeholdern durchgeführt. Ziel war es, möglichst quantitativ verwertbare Einschätzungen des Einflusses von Zielen, Vorgaben und Regelungen aus Land- und Abfallwirtschaft, Umwelt- und Naturschutz, Technik und Wirtschaft, Politik, Wissenschaft und Industrie zu erhalten, die sich auf das technische Biogaspotenzial auswirken. Für die Potenzialabschätzung wurde festgelegt, den gezielten Anbau von Nachwachsenden Rohstoffen auf Ackerland (NawaRo, z.B. Silomais, Getreide-GPS, Getreidekorn) nicht auszudehnen, sondern auf dem Status quo festzulegen. Ein wesentlicher Punkt bei der Berechnung der Biomasseproduktion aus der Pflanzenproduktion ist, dass Produktionseinschränkungen zum Zweck des Umwelt- und Naturschutzes berücksichtigt wurden. Dazu wurde eine nachvollziehbare und einfache Methode entwickelt, die sich an den Ausgleichszahlungen orientiert, die Landwirte für die Umsetzung von Maßnahmen des KULAP und VNP erhalten. Diese Maßnahmen erbringen positive Leistungen im Hinblick auf Biodiversität und Artenvielfalt, Boden- und Gewässerschutz, Klimaschutz sowie Erhalt der Kulturlandschaft. Bei der Berechnung der Biomassepotenziale für 2030 wurde auch berücksichtigt, dass eine Änderung in den freiwillig umgesetzten Umwelt- und Naturschutzmaßnahmen möglich ist. Darüber hinaus fließen Annahmen zum Flächenbedarf für Siedlungs- und Verkehrswege, sowie zur Wiedervernässung von aktuell landwirtschaftlich genutzten Moorflächen ein. 

Im Bereich der biogenen Abfallstoffe wurden durch das WI aktuelle Vorgaben hinsichtlich der Vermeidung von Lebensmittelabfällen ebenso wie die Bestrebung der Erhöhung der getrennten Erfassung biogener Abfallmengen in Betracht gezogen. Abfallwirtschaftliche Stoffströme, die zum bayerischen Biogaspotenzial beitragen können, sind Biogut (biogene Abfälle aus der Biotonne), Bioabfälle im Hausmüll (nicht getrennt erfasst), krautiges Grüngut, gewerbliche Lebensmittelabfälle sowie Landschafts- und Straßenpflegematerial. Die Ausweitung des Potenzials an vergärbaren Abfallströmen steht allerdings im Zielkonflikt mit den abfallwirtschaftlichen Zielen und Vorgaben, die eine Reduzierung des organischen Abfallaufkommens beinhalten. Insbesondere eine Reduzierung der Lebensmittelabfälle sowie die Abfallvermeidung stehen im Vordergrund. Vor diesem Hintergrund ist mittelfristig eher von einem Rückgang des technischen Potenzials an vergärbaren Abfällen auszugehen. Die Nutzungsquote des technischen Potenzials kann durch eine bessere Erfassung der Bioabfälle und vorrangiger Biogaserzeugung weiter gesteigert werden. Hierbei steht die Erschließung des Potenzials an organischen Abfällen im Hausmüll im Vordergrund.

Für die Bestimmung der landwirtschaftlichen Potenziale wurde durch die LfL eine sehr große Substratvielfalt (48 verschiedene Biomassen) und eine Fülle an Einflussfaktoren (u.a. Entwicklung der Tierhaltung, der Erträge, der Produktionseinschränkungen) betrachtet. Für die Abschätzung der Tierhaltung in 2030 wurde der historische Trend in der Tierhaltung extrapoliert. Weiterhin wurden regionale Unterschiede in der Pflanzenproduktion (Flächennutzung und Ertrag), in der Tierhaltung (Haltungsformen und Biomassebedarf zu Futter- und Einstreuzwecken) und in der Biogasproduktion (Methanerträge und Substratmischungen) in die Potenzialbestimmung mit einbezogen.