Für das Kloster ist die Gesamtsanierung ein Meilenstein in der Klostergeschichte, denn seit dem Neubau der Klostergebäude in der Barockzeit (ca. 1690 - 1710) stellt dies die größte und teuerste Sanierunsmaßnahme dar. Neben der Behebung der statischen Schäden, insbesondere im Dachstuhlbereich, sowie der Sanierung der Grundmauern und Fundamente, möchten die Mönche eine klarere bauliche Abtrennung zwischen dem eigentlichen Klausurbereich und dem Gästehaus St. Gregor erreichen.

1995 wurde für die Abrtei eine Studie erstellt, um Einsparmöglichkeiten aufzudecken. Konventgebäude, Gästehaus St. Gregor, Abt-Maurus-Haus, Bibliothek, barockes Teehaus, Turnhalle, Gewächshäuser und die Klosterbuchhandlung wurden einzeln untersucht und Maßnahmen vorgeschlagen. Diese werden nach und nach umgesetzt.

1998 hat die Benediktinerabtei Plankstetten mit der Generalsanierung der historischen und unter Denkmalschutz stehenden Klostergebäude begonnen. Seit 2005 ist das Kloster mit dem Bayerischen Landesamt für Denkmalpflege im Gespräch. In den Jahren 2006/2007 wurden als vorbereitende Maßnahmen, in Abstimmung mit dem Denkmalamt in München und mit Hilfe von Architekten, Ingenieuren und Fachleuten eine grundlegende Voruntersuchung und Schadensaufnahme der noch zu sanierenden Gebäudetrakte vorgenommen. Ein statisches Plangutachten, ein Nutzungskonzept und eine Kosteneinschätzung wurden erstellt.

Das Fazit lautete: Die Klostergebäude wurden zwar einige Male renoviert, aber nie von Grund auf saniert, so dass sich bei der Kostenschätzung gesamte Baukosten in einer Höhe von über 25 Mio. Euro ergaben. Um diese gewaltige Summe nicht auf einen Schlag finanzieren zu müssen, wurden drei Bauabschnitte festgelegt, die innerhalb eines Jahrzehnts sukzessive realisiert werden.

Der bewusste Umgang mit Energie ist eines der zentralen Themen für die Abtei. Deshalb versucht man auch bei der Sanierung  -  wo es möglich und wirtschaftlich tragbar ist  - durch Investitionen den Energieverbrauch zu senken:

• Zentralisierung des Heizsystems: Konventgebäude, Haus St. Gregor (mit Abt Maurus-Haus), Turnhalle und die sanierten Wirtschaftsgebäude sind in einem Verbundsystem  zusammengeschlossen
• Dezentrale Energieversorgung: für das barocke Teehaus, die Klosterbuchhandlung und ein Gewächshaus wurde eine dezentrale Versorgung mit Erdgasbrennern als optimal erkannt und umgesetzt (keine Wärmeverluste)
• Wärmedämmung: wegen des Denkmalschutzes können die Außenmauern nicht gedämmt werden, wohl aber im Zuge von Baumaßnahmen Geschoßdecken und Dächer, sowie Isolierglasfenster eingesetzt werden
• energiesparende Bauweise bei Sanierungsarbeiten und Neubauten
• Wärmerückgewinnung bei Kühlaggregaten zur Stromeinsparung und Brauchwassererwärmung in der Küche, in der neu erbauten Metzgerei, Bäckerei und im Hofladen

Darüber hinaus werden fossile durch erneuerbare Energieträger ersetzt. Der große Vorteil von Biomasse als erneuerbarem Energieträger liegt in der CO₂-Neutralität, da bei der Verbrennung nur so viel CO₂ freigesetzt wird, wie beim Wachstum der Pflanzen aufgenommen wurde. So wird der Treibhauseffekt reduziert. Außerdem werden durch den Ankauf regional erzeugter Biomasse Transportwege verkürzt:

• Heizung mit „Energiemix“: Ende 1999 konnte die neue Hackschnitzel-Heizanlage mit 450 kW Leistung in Betrieb genommen werden. Sie trägt die Grundlast für die Heizung und die Brauchwassererwärmung. Jahresleistung 2001: 1.300 MWh. Ein Erdgasbrenner kommt nur noch zur Abdeckung von Spitzenlasten zum Einsatz. Die vertragliche Abnahme von Erdgas konnte so erheblich reduziert werden.
• Rapsöl: Derzeit sind die Motoren von vier Fahrzeugen auf Rapsöl als Treibstoff umgerüstet. Die Umrüstung weiterer Fahrzeuge und Traktoren ist geplant.
• Eine Sonnenkollektor-Anlage mit 60 m² Fläche dient der Brauchwassererwärmung für Bäckerei und Metzgerei, sowie der Gebäude-Teiltemperierung im sanierten Teil zur Trockenlegung der Grundmauern.